ศูนย์ศึกษาการพัฒนาอ่าวคุ้งกระเบนฯ       ได้เริ่มก่อตั้งตามพระราชดำริพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ในคราวที่เสด็จพระราชดำเนินประกอบพิธีเปิดพระบรมราชานุสาวรีย์สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชที่จังหวัดจันทบุรี เมื่อวันที่ ๒๘ ธันวาคม พ.ศ.๒๕๒๔  โดยมีพระราชดำริแก่ผู้ว่าราชการจังหวัดจันทบุรี มีสาระสำคัญคือ  " ให้พิจารณาพื้นที่ที่เหมาะสม จัดทำโครงการพัฒนาอาชีพการประมง และการเกษตรในเขตพื้นที่ดินชายฝั่งทะเลจันทบุรี " และได้พระราชทานเงินที่ราษฎรจังหวัดจันทบุรีได้ร่วมทูลเกล้าทูลกระหม่อมถวายโดยเสด็จพระราชกุศลในโอกาสดังกล่าว เป็นทุนริเริ่มดำเนินการ

             ต่อมาเมื่อวันที่ ๓๐ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๒๔ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชได้มีพระราชดำริเพิ่มเติม ณ พระตำหนักจิตรลดารโหฐาน สาระโดยสรุปว่า " ให้พิจารณาจัดหาพื้นที่ป่าสงวนเสื่อมโทรม หรือพื้นที่สาธารณประโยชน์เพื่อจัดตั้งศูนย์ศึกษาการพัฒนาเช่นเดียวกับศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อน ให้เป็นศูนย์ศึกษาเกี่ยวกับการพัฒนาในเขตที่ดินชายทะเล "