กลุ่มควบคุมการนำเข้าส่งออกสัตว์น้ำและปัจจัยการผลิต

 กลุ่มควบคุมเรือประมงเเละสินค้าประมงต่างประเทศ

 กลุ่มสารวัตรเเละกักกันสัตว์น้ำ

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดกาญจนบุรี

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดจันทบุรี

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดชลบุรี

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดเชียงใหม่

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดตราด

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดตาก

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดนครพนม

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดนราธิวาส

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดประจวบคีรีขันธ์

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดภูเก็ต

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดมุกดาหาร

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดระนอง

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดสตูล

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดสมุทรสาคร

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดสระแก้ว

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดสุรินทร์

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดหนองคาย

 ด่านตรวจสัตว์น้ำจังหวัดอุบลราชธานี

 ด่านตรวจสัตว์น้ำท่าอากาศยานดอนเมือง

 ด่านตรวจสัตว์น้ำท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ

 ด่านตรวจสัตว์น้ำท่าอากาศยานหาดใหญ่

 ด่านตรวจสัตว์น้ำปาดังเบซาร์

 ด่านตรวจสัตว์น้ำลาดกระบัง

 ด่านตรวจสัตว์น้ำสะเดา

 ฝ่ายบริหารทั่วไป กองควบคุมการค้าสัตว์น้ำและปัจจัยการผลิต

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจสัตว์น้ำ เขต 2 (กรุงเทพมหานคร)

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจสัตว์น้ำ เขต 3 (สงขลา)

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจสัตว์น้ำเขต 1 (เชียงราย)