กลุ่มชีววิทยาและความหลากหลายทางทะเล

 กลุ่มตรวจสอบแหล่งประมงและสิ่งแวดล้อมทางทะเล

 กลุ่มบริหารทั่วไป

 กลุ่มประเมินสภาวะทรัพยากรประมง

 กลุ่มพัฒนาและฟื้นฟูแหล่งประมง

 กลุ่มวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีประมง

 กลุ่มวิชาการ

 กลุ่มสำรวจและประเมินแหล่งประมงทะเล

 ฝ่ายบริหารทั่วไป กองวิจัยและพัฒนาประมงทะเล

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลชุมพร

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลนราธิวาส

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลภูเก็ต

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลระนอง

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลระยอง

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลสงขลา

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลสตูล

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลสมุทรปราการ