กลุ่มบูรณะแหล่งน้ำเพื่อการประมง

 กลุ่มวิจัยการจัดการประมงน้ำจืด

 กลุ่มวิจัยความหลากหลายทางชีวภาพสัตว์น้ำจืด

 กลุ่มวิจัยและพัฒนาสถานแสดงพันธุ์สัตว์น้ำจืด

 กลุ่มวิชาการ

 ฝ่ายบริหารทั่วไป กองวิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด

 ศูนย์​วิจัยและ​พัฒนา​ประมง​น้ำจืด​อุบลราชธานี

 ศูนย์​วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดพะเยา

 ศูนย์​วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดสุราษฎร์ธานี

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดขอนแก่น

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดชัยภูมิ

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดตาก

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดนครราชสีมา

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดนครสวรรค์

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดพัทลุง

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดพิษณุโลก

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดเพชรบุรี

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดยะลา

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดระยอง

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดลพบุรี

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดลำปาง

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดสกลนคร

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดสุพรรณบุรี

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดสุรินทร์

 หน่วยขุดลอกและกำจัดวัชพืชหนองหาร

 หน่วยบูรณะแหล่งน้ำเพื่อการประมงอุบลราชธานี