กลุ่มควบคุมการนำเข้าส่งออกสัตว์น้ำ

 กลุ่มควบคุมวัตถุอันตรายและการค้าปัจจัยการผลิต

 กลุ่มตรวจสอบเรือประมง

 กลุ่มตรวจสอบสัตว์น้ำ และท่าเทียบเรือประมง

 กลุ่มวิเคราะห์และพัฒนาระบบการตรวจสอบเรือประมง สินค้าสัตว์น้ำและปัจจัยการผลิต

 ด่านตรวจประมงกระบี่

 ด่านตรวจประมงกาญจนบุรี

 ด่านตรวจประมงจันทบุรี

 ด่านตรวจประมงชลบุรี

 ด่านตรวจประมงชุมพร

 ด่านตรวจประมงเชียงใหม่

 ด่านตรวจประมงตรัง

 ด่านตรวจประมงตราด

 ด่านตรวจประมงตาก

 ด่านตรวจประมงท่าอากาศยานดอนเมือง

 ด่านตรวจประมงท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ

 ด่านตรวจประมงนครพนม

 ด่านตรวจประมงนครศรีธรรมราช

 ด่านตรวจประมงนราธิวาส

 ด่านตรวจประมงปัตตานี

 ด่านตรวจประมงเพชรบุรี

 ด่านตรวจประมงภูเก็ต

 ด่านตรวจประมงมุกดาหาร

 ด่านตรวจประมงระนอง

 ด่านตรวจประมงระยอง

 ด่านตรวจประมงลาดกระบัง

 ด่านตรวจประมงสมุทรสงคราม

 ด่านตรวจประมงสุรินทร์

 ด่านตรวจประมงอุบลราชธานี

 ฝ่ายบริหารทั่วไป กองควบคุมการค้าสัตว์น้ำและปัจจัยการผลิต

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมง เขต 5 สมุทรสาคร

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมงเขต 1 (เชียงราย)

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมงเขต 2 (หนองคาย)

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมงเขต 3 (กรุงเทพมหานคร)

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมงเขต 4 (สระแก้ว)

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมงเขต 5 (สมุทรสาคร)

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมงเขต 6 (ประจวบคีรีขันธ์)

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมงเขต 8 (สงขลา)

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมงเขต 9 (สตูล)

 ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมงเขต​ 7 (สุราษฎร์ธานี)​

 สำนักงานตรวจประมงท่าอากาศยานหาดใหญ

 สำนักงานตรวจประมงปาดังเบซาร์

 สำนักงานตรวจประมงสะเดา