กลุ่มบูรณะแหล่งน้ำเพื่อการประมง

 กลุ่มวิจัยการจัดการประมงน้ำจืด

 กลุ่มวิจัยความหลากหลายทางชีวภาพสัตว์น้ำจืด

 กลุ่มวิจัยและพัฒนาสถานแสดงพันธุ์สัตว์น้ำจืด

 กลุ่มวิชาการ

 ฝ่ายบริหารทั่วไป กองวิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดขอนแก่น (เขื่อนอุบลรัตน์)

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดเขต 1 (พะเยา)

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดเขต 2 (นครสวรรค์)

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดเขต 4 (อุบลราชธานี)

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดเขต 5 (สุราษฎร์ธานี)

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดตาก

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดนครราชสีมา

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดพัทลุง

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดพิษณุโลก

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดยะลา

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดระยอง

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดลพบุรี

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดลำปาง

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดสุพรรณบุรี

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดสุรินทร์

 หน่วยขุดลอกและกำจัดวัชพืชหนองหาร

 หน่วยบูรณะแหล่งน้ำเพื่อการประมงอุบลราชธานี