กองบริหารจัดการทรัพยากรและกำหนดมาตรการ
กองวิจัยและพัฒนาประมงทะเล
กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
กองวิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง
สำนักงานประมงพื้นที่กรุงเทพมหานคร
กองกฎหมาย
กองบริหารจัดการเรือประมงและการทำการประมง
กองวิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด
กลุ่มตรวจสอบภายใน
กองบริหารการคลัง
กองยุทธศาสตร์และแผนงาน
กองวิจัยและพัฒนาสุขภาพสัตว์น้ำ
กองโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริและกิจกรรมพิเศษ
กองพัฒนาระบบการรับรองมาตรฐานสินค้าประมงและหลักฐานเพื่อการสืบค้น
กองวิจัยและพัฒนาอาหารสัตว์น้ำ
กองตรวจการประมง
แยกตามกลุ่มงาน
กองวิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืด
ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
สำนักงานเลขานุการกรม
กองตรวจสอบคุณภาพสินค้าประมง
กองนโยบายและแผนพัฒนาการประมง
กองวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีอุตสาหกรรมสัตว์น้ำ
กองตรวจราชการ กรมประมง
กองบริหารทรัพยากรบุคคล
กองประมงต่างประเทศ
กองวิจัยและพัฒนาพันธุกรรมสัตว์น้ำ
คณะกรรมการบริหารเงินทุนหมุนเวียนในการผลิตพันธุ์ปลา พันธุ์กุ้ง และพันธุ์สัตว์น้ำอื่นๆ
สหกรณ์ออมทรัพย์กรมประมง
กองตรวจสอบเรือประมง สินค้าสัตว์น้ำและปัจจัยการผลิต
ด่านตรวจประมง
สำนักงานประมงจังหวัด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเล
ศูนย์วิจัยและตรวจสอบคุณภาพสินค้าประมง
ศูนย์วิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีอาหารสัตว์น้ำ
ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาสุขภาพสัตว์น้ำ
ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงชายฝั่ง
ศูนย์ป้องกันและปราบปรามทะเล/น้ำจืด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาพันธุกรรมสัตว์น้ำ