กองประมงต่างประเทศ
กองวิจัยและพัฒนาพันธุกรรมสัตว์น้ำ
คณะกรรมการบริหารเงินทุนหมุนเวียนในการผลิตพันธุ์ปลา พันธุ์กุ้ง และพันธุ์สัตว์น้ำอื่นๆ
กองกฎหมาย
กองยุทธศาสตร์และแผนงาน
กองวิจัยและพัฒนาสุขภาพสัตว์น้ำ
กองบริหารทรัพยากรบุคคล
กองพัฒนาระบบการรับรองมาตรฐานสินค้าประมงและหลักฐานเพื่อการสืบค้น
กองวิจัยและพัฒนาอาหารสัตว์น้ำ
กองบริหารการคลัง
แยกตามกลุ่มงาน
กองวิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืด
ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
กองตรวจสอบเรือประมง สินค้าสัตว์น้ำและปัจจัยการผลิต
กองวิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง
สำนักงานประมงพื้นที่กรุงเทพมหานคร
สหกรณ์ออมทรัพย์กรมประมง
กองโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริและกิจกรรมพิเศษ
กองนโยบายและแผนพัฒนาการประมง
กองวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีอุตสาหกรรมสัตว์น้ำ
กองตรวจราชการ กรมประมง
กองตรวจการประมง
กองบริหารจัดการเรือประมงและการทำการประมง
กองวิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด
กลุ่มตรวจสอบภายใน
สำนักงานเลขานุการกรม
กองบริหารจัดการทรัพยากรและกำหนดมาตรการ
กองวิจัยและพัฒนาประมงทะเล
กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
กองตรวจสอบคุณภาพสินค้าประมง
สำนักงานประมงจังหวัด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด
ศูนย์ป้องกันและปราบปรามทะเล/น้ำจืด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงชายฝั่ง
ศูนย์วิจัยและตรวจสอบคุณภาพสินค้าประมง
ด่านตรวจประมง
ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเล
ศูนย์วิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีอาหารสัตว์น้ำ
ศูนย์วิจัยและพัฒนาพันธุกรรมสัตว์น้ำ
ศูนย์วิจัยและพัฒนาสุขภาพสัตว์น้ำ