กองบริหารการคลัง
กองวิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืด
ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
กองตรวจสอบเรือประมง สินค้าสัตว์น้ำและปัจจัยการผลิต
สำนักงานเลขานุการกรม
กองวิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง
สำนักงานประมงพื้นที่กรุงเทพมหานคร
กองโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริและกิจกรรมพิเศษ
กองกฎหมาย
กองนโยบายและแผนพัฒนาการประมง
กองวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีอุตสาหกรรมสัตว์น้ำ
กองตรวจราชการ กรมประมง
กองตรวจการประมง
กองบริหารทรัพยากรบุคคล
กองบริหารจัดการทรัพยากรและกำหนดมาตรการ
กองวิจัยและพัฒนาประมงทะเล
กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
สหกรณ์ออมทรัพย์กรมประมง
แยกตามกลุ่มงาน
กองประมงต่างประเทศ
กองวิจัยและพัฒนาพันธุกรรมสัตว์น้ำ
คณะกรรมการบริหารเงินทุนหมุนเวียนในการผลิตพันธุ์ปลา พันธุ์กุ้ง และพันธุ์สัตว์น้ำอื่นๆ
กองตรวจสอบคุณภาพสินค้าประมง
กองบริหารจัดการเรือประมงและการทำการประมง
กองวิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด
กลุ่มตรวจสอบภายใน
กองพัฒนาระบบการรับรองมาตรฐานสินค้าประมงและหลักฐานเพื่อการสืบค้น
กองวิจัยและพัฒนาอาหารสัตว์น้ำ
กองยุทธศาสตร์และแผนงาน
กองวิจัยและพัฒนาสุขภาพสัตว์น้ำ
ศูนย์วิจัยและพัฒนาสุขภาพสัตว์น้ำ
สำนักงานประมงจังหวัด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีอาหารสัตว์น้ำ
ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงชายฝั่ง
ศูนย์ป้องกันและปราบปรามทะเล/น้ำจืด
ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเล
ศูนย์วิจัยและพัฒนาพันธุกรรมสัตว์น้ำ
ด่านตรวจประมง
ศูนย์วิจัยและตรวจสอบคุณภาพสินค้าประมง