สืบเนื่องจากการที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชดำริให้มีการพัฒนาอาชีพของราษฎรในจังหวัดแม่ฮ่องสอน ให้มีความเป็นอยู่ดีขึ้น โดยเน้นหนักด้านการเกษตร มุ่งเพิ่มประสิทธิภาพการผลิต การใช้ทรัพยากรธรรมชาติที่มีอยู่อย่างจำกัดให้มีประสิทธิภาพสูงสุด การป้องกันการบุกรุกทำลายป่า การอนุรักษ์ป่า การปรับปรุงบำรุงดินและน้ำ ทั้งนี้ กองทัพบกร่วมกับกระทรวงเกษตรและสหกรณ์และหน่วยงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง ได้ดำเนินการสนองพระราชดำริ โดยจัดให้มีโครงการพัฒนาตามพระราชดำริขึ้น ซึ่งได้ดำเนินการจัดตั้ง"ศูนย์บริการและพัฒนาลุ่มน้ำปาย" (ท่าโป่งแดง) ขึ้นเป็นแห่งแรก เพื่อใช้ในการศึกษาทดลอง ค้นคว้า สาธิต การปลูกพืช และเลี้ยงสัตว์
กรมประมง ซึ่งเป็นหน่วยงานหนึ่งของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ได้จัดตั้ง "หน่วยผลิตพันธุ์ปลา"ขึ้น ตามโครงการสาธิตการเลี้ยงปลาในเขตพัฒนาการเกษตรจังหวัดแม่ฮ่องสอน ในปี พ.ศ. 2525 เพื่อดำเนินการสนองพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว โดยมอบหมายให้สำนักงานประมงจังหวัดแม่ฮ่องสอน เป็นผู้รับผิดชอบ
ต่อมาเมื่อปี พ.ศ.2531 กรมประมง ได้ยกฐานะหน่วยผลิตพันธุ์ปลาจังหวัดแม่ฮ่องสอน เป็น"สถานีประมงน้ำจืดจังหวัดแม่ฮ่องสอน" สังกัดกองประมงน้ำจืด กรมประมง มีพื้นที่ทั้งหมด 67 ไร่ 3 งาน 20 ตารางวา ต่อมามีการปรับโครงสร้างกรมประมงใหม่ สถานีประมงน้ำจืดจังหวัดแม่ฮ่องสอน จึงอยู่ภายใต้ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดเชียงใหม่ สังกัดสำนักวิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด กรมประมง จนถึงปี พ.ศ.2553 กรมประมงได้เสนอขอปรับปรุงการแบ่งงานภายใน โดยไม่กระทบกับกฏกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ.2545 และ (ฉบับที่ 2) พ.ศ.2549 เป็น "ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดแม่ฮ่องสอน" สังกัดสำนักวิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืด กรมประมง มีหน้าที่รับผิดชอบ ศึกษา ค้นคว้า ทดสอบ วิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืดและทรัพยากรประมงน้ำจืด โดยเน้นงานวิจัยที่เชื่อมโยงกับสถาบันต่าง ๆ ของสำนักฯ เพื่อนำเทคโนโลยีมาทดสอบขยายผลภายใต้ข้อจำกัดของสภาพพื้นที่จริง วิจัยการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืดที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจ และพันธุ์สัตว์น้ำหายากหรือใกล้สูญพันธุ์ของแต่ละท้องถิ่นเพื่อการอนุรักษ์ และการวิจัยพื้นฐานที่จำเป็นเพื่อพัฒนาให้เป็นสัตว์น้ำเศรษฐกิจ วิจัยและวิเคราะห์ข้อมูลชีววิทยาแหล่งน้ำ ทรัพยากรประมง และสังคม-เศรษฐกิจชาวประมง เพื่อประเมินสถานภาพ แนวโน้มของการประมงในแหล่งน้ำ และนำมาเป็นแนวทางในการบริหารจัดการทรัพยากรประมงในแหล่งน้ำ ติดตาม เฝ้าระวัง การเปลี่ยนแปลงของทรัพยากรประมงในแหล่งน้ำเพื่อการใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน ตรวจสอบ ติดตามและรับรองฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ ผลิตและขยายพันธุ์สัตว์และพืชน้ำจืดที่ได้รับการปรับปรุงพันธุ์ ที่หายากและใกล้สูญพันธุ์ ผลิตและปล่อยพันธุ์สัตว์น้ำโดยเน้นชนิดพันธุ์ที่เหมาะสมกับแหล่งน้ำเพื่อเพิ่มผลผลิตประมงและดำรงความอุดมสมบูรณ์ในแหล่งน้ำ อนุรักษ์พันธุ์สัตว์น้ำและรักษาความหลากหลายทางชีวภาพในแหล่งน้ำ ให้บริการทางวิชาการและถ่ายทอดเทคโนโลยีการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ และให้การสนับสนุนทางวิชาการกับหน่วยงานส่วนภูมิภาคในเรื่องการกำกับ ดูแลด้านการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำและทำการประมง โดยมีอาคารที่ทำการ บ่อปลาและสิ่งก่อสร้าง ดังนี้
1.อาคารที่ทำการ จำนวน 1 หลัง
2.บ้านพักข้าราชการ จำนวน 7 หลัง
3.บ้านพักคนงานหลังละ 6 ครอบครัว จำนวน 2 หลัง
4.โรงเพาะฟัก จำนวน 1 หลัง
5.โรงเก็บน้ำมัน จำนวน 1 หลัง
6.โรงเก็บอาหาร จำนวน 1 หลัง
7.โรงเก็บรถยนต์ จำนวน 1 หลัง
8.ห้องพัสดุ จำนวน 1 หลัง
9.บ่อเก็บกักน้ำขนาด 2 ไร่ จำนวน 1 บ่อ
10.บ่อดินขนาด 2 ไร่ จำนวน 7 บ่อ
11.บ่อดินขนาด 1 ไร่ จำนวน 9 บ่อ
12.บ่อดินขนาด 0.5 ไร่ จำนวน 11 บ่อ
13.บ่อซีเมนต์ขนาด 50 ตารางเมตร จำนวน 25 บ่อ
14.บ่อซีเมนต์ขนาด 20 ตารางเมตร จำนวน 10 บ่อ
15.บ่อซีเมนต์ขนาด 10 ตารางเมตร จำนวน 10 บ่อ
ปัจจุบัน ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงน้ำจืดแม่ฮ่องสอน ได้เปลี่ยนชื่อเป็น ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืดแม่ฮ่องสอน ตามที่กรมประมงได้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างแบ่งส่วนราชการกรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2559 ตั้งแต่ 1 ตุลาคม 2559 เป็นต้นไป