ศูนย์บริหารจัดการด่านตรวจประมงเขต 3 (กรุงเทพมหานคร)
ตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 4 มีนาคม 2546 ได้มอบหมายให้กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ โดยกรมประมงมีหน้าที่กำกับดูแลการส่งออกสัตว์น้ำและผลิตภัณฑ์ การนำเข้าสินค้ากุ้งและปลาทูน่า รวมถึงกำกับดูแลให้สัตว์น้ำและผลิตภัณฑ์สัตว์น้ำมีความปลอดภัยสำหรับการบริโภค อยู่ในมาตรฐานสุขภาพ และสุขอนามัยที่เป็นมาตรฐานเดียวกัน และเทียบเท่ามาตรฐานสากลตามนโยบาย Food Safety ของรัฐบาล
กรมประมงได้มีคำสั่งที่ 563/2546 ลงวันที่ 25 มีนาคม 2546 เรื่องการจัดตั้งด่านตรวจสัตว์น้ำเพิ่มเติมเป็นการภายใน และให้ข้าราชการปฏิบัติหน้าที่ จำนวน 7 ด่าน ซึ่งรวมถึงด่านตรวจสัตว์น้ำท่าเรือกรุงเทพ โดยมีหน้าที่ศึกษา วิเคราะห์ วางแผน ควบคุม ป้องกัน ปราบปรามและตรวจสอบสัตว์น้ำ ซากสัตว์น้ำ ผลิตภัณฑ์สัตว์น้ำ และปัจจัยที่ใช้ในการผลิตที่เกี่ยวข้องกับการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำที่นำเข้า ส่งออก นำผ่านระหว่างประเทศ และการนำกลับมาใช้ประโยชน์ภายในประเทศ ทั้งด้านการค้า การครอบครอง การเพาะพันธุ์ การดำเนินกิจการสวนสัตว์สาธารณะ ตามพระราชบัญญัติการประมง พ.ศ. 2490 พระราชบัญญัติสงวนและคุ้มครองสัตว์ป่า พ.ศ. 2535 และกฎหมายอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง พร้อมทั้งแต่งตั้งข้าราชการปฏิบัติหน้าที่
ด่านตรวจสัตว์น้ำท่าเรือกรุงเทพ ได้เริ่มปฏิบัติงานเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2546 หลังจากเจ้าหน้าที่ได้รับการฝึกอบรมทำความเข้าใจเกี่ยวกับบทบาท หน้าที่ความรับผิดชอบ และภารกิจของหน่วยงาน โดยได้รับความอนุเคราะห์จากด่านตรวจพืชท่าเรือกรุงเทพฯ กรมวิชาการเกษตร ให้ใช้ห้องปฏิบัติการทดลองเป็นสถานที่ปฏิบัติงานชั่วคราว และด่านตรวจสัตว์น้ำท่าเรือกรุงเทพได้ประสานงานกับการท่าเรือกรุงเทพขอความอนุเคราะห์ใช้สถานที่อาคารของการท่าเรือกรุงเทพฯ การท่าเรือแห่งประเทศไทย สำหรับเป็นที่ตั้งด่านตรวจสัตว์น้ำ และได้รับความอนุเคราะห์จากผู้อำนวยการท่าเรือกรุงเทพฯให้ใช้ห้องปฏิบัติงานสารบรรณ บริเวณชั้น 2 อาคารฝ่ายพัสดุท่าเรือกรุงเทพฯ เป็นสถานที่ปฏิบัติงานตั้งแต่วันที่ 5 มิถุนายน 2546 เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน