กลุ่มตรวจสอบและรับรองแหล่งประมง

 กลุ่มบริหารทั่วไป

 กลุ่มประเมินสภาวะทรัพยากรประมง

 กลุ่มพัฒนาเทคโนโลยีประมง

 กลุ่มพัฒนาและฟื้นฟูแหล่งประมง

 กลุ่มวิชาการ

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงอันดามันตอนบน (ภูเก็ต)

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงอันดามันตอนล่าง (สตูล)

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงอ่าวไทยตอนกลาง (ชุมพร)

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงอ่าวไทยตอนบน (สมุทรปราการ)

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงอ่าวไทยตอนล่าง (สงขลา)

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงอ่าวไทยฝั่งตะวันออก (ระยอง)

 ศูนย์ศึกษาการพัฒนาและอนุรักษ์พันธุ์ปู ป่าทุ่งทะเล อันเนื่องมาจากพระราชดำริ จังหวัดกระบี่

 สถานีวิจัยและพัฒนาประมงทะเลจังหวัดตราด

 สถานีวิจัยและพัฒนาประมงทะเลจังหวัดระนอง

 สถานีวิจัยและพัฒนาประมงทะเลจังหวัดสมุทรสงคราม