กลุ่มตรวจสอบและรับรองแหล่งประมง

 กลุ่มบริหารทั่วไป

 กลุ่มประเมินสภาวะทรัพยากรประมง

 กลุ่มพัฒนาและฟื้นฟูแหล่งประมง

 กลุ่มวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีประมง

 กลุ่มวิชาการ

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง ตราด

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งสมุทรสงคราม

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลระนอง

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลระยอง

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลสงขลา

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลสตูล

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงทะเลสมุทรปราการ

 ศูนย์วิจัยและพัฒนาประมงอันดามันตอนบน (ภูเก็ต)

 ศูนย์ศึกษาการพัฒนาและอนุรักษ์พันธุ์ปู ป่าทุ่งทะเล อันเนื่องมาจากพระราชดำริ จังหวัดกระบี่